В отдалённом будущем большая часть человечества уничтожена внеземными существами, именуемыми «Фестумы». Выжившие ведут жестокую борьбу с пришельцами, стремящимися объединить всё живое в единую сущность.
Однако в таком мире существует и спокойный уголок — используя особые укрытия, жители острова Тацумия пытаются обеспечить своим детям беззаботное взросление. Но однажды и эта защита пала, после чего на войну с Фестумами вышли сами дети, которых долгие эксперименты с генной инженерией сделали главной надеждой людей — только они способны управлять огромными боевыми машинами Фафнирами.
Последовательность просмотра аниме:
Небесный Фафнир: Мёртвый агрессор - ТВ, 2004 год
Небесный Фафнир: Воспоминания Аркадии - OVA, 2005 год